Si tenga presente che l'uso di apt-get può interferire con tutta la procedura appena illustata, infatti in un upgrade verrebbero reinstallati i pacchetti originali. Per evitare che accada tutto ciò è opportuno mettere in hold i pacchetti ricompilati subito dopo averli installati.
Qualora si volesse installare un versione successiva del pacchetto si può ripetere la procedura della ricompilazione, ma non sarà necessario (a meno di cambiamenti drastici nel pacchetto che richiedano una reinstallazione completa) ripetere la parte relativa alla auto-configurazione.